Od nového programovacího období 2007-2013 se uskutečnila v tuzemské implementaci finančních nástrojů regionální politiky Evropské unie významná inovace. Dřívější Společný regionální operační program, spravovaný centrálně, byl nahrazen sedmičkou individuálních Regionálních operačních programů, které jsou řízeny samosprávami jednotlivých krajů, respektive celých regionů soudržnosti.
Hlavním důvodem této změny bylo v souladu s principem subsidiarity přenesení rozhodování o alokaci finančních prostředků Evropské unie na tu úroveň, kde jsou jednotlivé projekty bezprostředně řešeny. Jinak řečeno: o projektech s regionálním významem má být rozhodováno na úrovni regionů. V rámci regionálních operačních programů mají regiony více prostoru pro nastavení vlastních rozvojových priorit podle svých individuálních konkrétních podmínek a potřeb.
Dalším přínosem ROPů oproti předchozímu SROPu je možnost místních aktérů v souladu s principy partnerství více se zapojit do ovlivňování budoucího ekonomického a sociálního rozvoje vlastního regionu i budování nezbytné administrativní kapacity pro opravdovou efektivní regionální politiku. Celý systém programování zhmotněný regionálním operačním programem tak přestává být pouze nutným, z Bruselu nadiktovaným prostředkem pro distribuci a přerozdělování „evropských dotací“, ale stává se skutečným nástrojem provádění regionální politiky, která má ambici fungovat i po vyschnutí podpory z fondů EU.
Stinnou stránkou regionálních operačních programů jsou zvýšené náklady na administrativu. Přeci jen řízení sedmi regionálních operačních programů sedmi regionálními radami je finančně náročnější než v případě existence jednoho Společného regionálního OP. Původní obavy z toho, na kolik jednotlivé kraje, respektive regiony soudržnosti zvládnou často složitou administraci operačních programů, se naštěstí příliš nenaplnily.